Wyrok
17 sierpnia odbyła się rozprawa sądowa, na której był obecny prokurator por. Ludwik Alwin oraz obrońca z urzędu Kazimierz Ogrodzki. Przewodniczący Wojskowego Sądu Rejonowego w Gdańsku mjr Adam Gajewski skazał Feliksa Selmanowicza na karę śmierci, utratę praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na zawsze oraz przepadek całego mienia.
Jeszcze tego samego dnia „Zagończyk” napisał do prezydenta Krajowej Rady Narodowej Bolesława Bieruta prośbę o ułaskawienie. Jako okoliczność łagodzącą podał fakt, jakoby do działalności konspiracyjnej został zmuszony przez „Łupaszkę”, który rzekomo miał mu zagrozić śmiercią, gdyby się jej nie podjął: „Groził mi likwidacją na wypadek nieprzystąpienia do akcji, którą kierował”. Podany argument przywodzi na myśl opisaną już wcześniej taktykę, jaką „Zagończyk” ustalił z „Jachną” w momencie ponownego wstąpienia jej na ścieżkę partyzancką.
Dzień po ogłoszeniu wyroku „Zagończyk” napisał drugą, znacznie obszerniejszą, prośbę o ułaskawienie. Na podaniu widnieje adnotacja z 21 sierpnia 1946 r., że prezydent z prawa łaski nie skorzystał.
28 sierpnia 1946 – wykonanie wyroku śmierci
Wyrok został wykonany 28 sierpnia 1946 r. o godzinie 6.15 w piwnicy gdańskiego aresztu w obecności prokuratora mjr. Wiktora Suchockiego, lekarza kpt. Mieczysława Rutkowskiego, dowódcy plutonu egzekucyjnego ppor. Franciszka Sawickiego, naczelnika więzienia Jana Wójcika i jego zastępcy Alojzego Nowickiego oraz księdza Mariana Prusaka. Według zgodnych relacji księdza Prusaka i Alojzego Nowickiego zarówno „Zagończyk”, jak i w tym samym czasie rozstrzeliwana „Inka”, mimo iż wyjątkowo pluton egzekucyjny liczył dziesięciu żołnierzy KBW, nie zginęli po komendzie „Po zdrajcach narodu polskiego, ognia!”. Jedynie „Zagończyk” został zraniony. Oboje zginęli, patrząc oprawcom prosto w oczy, gdyż nie wyrazili zgody na zawiązanie wokół głowy opaski. Kiedy dobijał ich strzałem z bliskiej odległości ppor. Franciszek Sawicki, wypowiedzieli ostatnie słowa: „Niech żyje Polska!”.
Obecny przy egzekucji ksiądz zapamiętał spotkanie z „Zagończykiem” na całe życie. Zaprowadzony przez funkcjonariusza więzienia do celi skazańca, zobaczył leżącego na pryczy mężczyznę. Więzień w momencie wejścia kapłana wstał i z wyczuwalnym w głosie smutkiem powiedział: „No tak, jednak nie skorzystano z prawa łaski…”. Ksiądz Prusak zapamiętał twarz „Zagończyka” jako „zamkniętą pozornie na emocje, napiętą w wyrażanej mimice, jeszcze na tym świecie, duszą już przy jego bramach”.
Krótko przed śmiercią, rano w dniu wykonania egzekucji, „Zagończyk” napisał ostatni list skierowany do szwagra oraz syna. List, pozostający w posiadaniu rodziny, stanowi bardzo cenną pamiątkę. Nie wiemy, jak dostarczono go szwagrowi „Zagończyka” Bernardowi Skoczykowi. Synowa „Zagończyka” twierdzi, że przekazał go rodzinie strażnik więzienny, który pozostawał w zmowie z „Zagończykiem”. Ustalili, że po śmierci strażnik wyjmie go z kieszeni jego marynarki. Dziwi jednak format listu – kartka A4. Bardziej prawdopodobne jest, że strażnik więzienny dostarczył papier kancelaryjny i zabrał od skazanego korespondencję, którą następnie dostarczył adresatowi. O istnieniu listu syn dowiedział się po roku 1956, kiedy otrzymał go od wuja. Wówczas jego treść wywarła na Feliksie Selmanowiczu juniorze ogromne wrażenie i wywołała wzruszenie.
Pamięć
20 października 1997 – Sąd w Gdańsku unieważnił wyrok ws. „Zagończyka”
28 sierpnia 2016 r. odbył się państwowy pogrzeb śp. Danuty Siedzikówny ps. "Inka", sanitariuszki 5 Wileńskiej Brygady AK oraz śp. Feliksa Selmanowicza ps. "Zagończyk", dowódcy 2 kompanii 4 Wileńskiej Brygady AK. Uroczystości pogrzebowe organizowane były w 70. rocznicę wykonania wyroku śmierci na bohaterach przez komunistycznych oprawców.
Przez wiele lat nie było znane miejsce pochówku ani „Inki”, ani „Zagończyka”. W zawiadomieniu wysłanym do Apolonii Selmanowicz naczelnik więzienia Jan Wójcik podał, że zwłoki „Zagończyka” zostały pochowane na Cmentarzu Garnizonowym w Gdańsku przy ul. Gen. Giełguda pod tabliczką z numerem 13763…
Doczesne szczątki „Zagończyka” zostały odnalezione przez zespół prof. Krzysztofa Szwagrzyka 12 września 2014 pod płytami chodnika na Cmentarzu Garnizonowym w Gdańsku. 9 czerwca 2016 roku, podczas uroczystości w Pałacu Prezydenckim, Instytut Pamięci Narodowej ogłosił, że ustalono tożsamość Feliksa Selmanowicza. Notę potwierdzającą identyfikację „Zagończyka” odebrała jego wnuczka Barbara Budzińska.