Ks. Jerzy pierwotnie miał spocząć na Powązkach – najbardziej czcigodnej z warszawskich nekropolii. Jednak jego przyjaciele a przede wszystkim proboszcz macierzystej parafii ks. Teofil Bogucki postanowili pochować przy kościele p.w. św. Stanisława Kostki. Grób w kształcie kurhanu otacza wielki różaniec z polnych kamieni, ułożonych we współczesne granice Polski. Do mogiły dochodzi krzyż, powyżej – orzeł w koronie z Matką Bożą Jasnogórską na piersi.
U grobu znaleźli się chyba wszyscy wielcy i możni tego świata. 14 czerwca 1987 r., obejmując grobowiec ramionami, modlił się tu papież Jan Paweł II. Przybyli prymasi i kardynałowie z Polski i Stolicy Apostolskiej, z Anglii, Austrii, Białorusi, Brazylii, Czech, Chile, Filipin, Meksyku, Niemiec, Rwandy. Wiceprezydent USA George Bush, premier Wielkiej Brytanii Margaret Thatcher, książę Luksemburga Jan Wielki, prezydent Czechosłowacji i Czech Vaclav Havel, prezydent Bułgarii Żeliu Żelew, prezydent Łotwy Anatolijs Gorbunovs, wicekanclerz Republiki Federalnej Niemiec Hans Dietrich Genscher, kanclerz Austrii Alois Mock – i wielu innych. Od początku listopada 1984 r. grób odwiedziło przeszło 15 milionów gości i pielgrzymów. Z modlitwą o beatyfikację Ks. Jerzego Popiełuszki w rocznicę śmierci 19 października, do żoliborskiego sanktuarium przybywają tysiące ludzi.
