Znów po roku (17 grudnia 1987 r.) wszystkim trzem złagodzono powtórnie kary (Pietruszce – do 10 lat, Pękali – do 6 lat, Chmielewskiemu – do czterech i pół roku), a Grzegorzowi Piotrowskiemu – z 25 lat do 15 lat więzienia. Za każdym razem zastosowano ustawę z lipca 1986 r. o szczególnym postępowaniu wobec sprawców niektórych przestępstw, jednak w istocie nielegalnie, w sposób z nią niezgodny. Jako pierwszy, w maju 1989 r. opuścił więzienie Chmielewski, by doń powrócić na podstawie wyroku Sądu Najwyższego z 23 grudnia 1991 r., lecz wyszedł na wolność dwa lata później, na początku grudnia 1993 r.; Pękala został zwolniony w 1990 r.; Pietruszka – w 1995 r.; Piotrowski – 16 sierpnia 2001 r.
W październiku 1990 r. na jakiś czas znaleźli się w więzieniu gen. Zenon Płatek (były dyrektor Departamentu IV MSW) i gen. Władysław Ciastoń (były wiceminister spraw wewnętrznych i szef SB), oskarżeni o „sprawstwo kierownicze” zbrodni na ks. Jerzym Popiełuszce. Obaj zostali uniewinnieni 19 sierpnia 1994 r. przez Sąd Wojewódzki w Warszawie. Sąd Apelacyjny uchylił jednak wyroki i w 1996 r. przekazał sprawę na powrót temu sądowi (Sąd Okręgowy w Warszawie, po zmianie ustroju sądów). Ponowny proces rozpoczął się 23 lutego 1998 r., lecz sąd zwrócił akta prokuraturze. Akt oskarżenia trafił doń z powrotem pod koniec roku. W styczniu 2000 r. zawieszono postępowanie wobec Płatka (ze względu na stan zdrowia), a proces Ciastonia rozpoczął się 30 października tego roku. Generał Ciastoń został ponownie uniewinniony, w grudniu 2002 r.
Własne śledztwo w tej sprawie rozpoczął 5 lutego 2002 r. IPN (prokurator Andrzej Witkowski z oddziałowej komisji w Lublinie; wcześniej, w 1991 r. odsunięty od śledztwa). Ma ono na celu ujawnienie w peerelowskim Ministerstwie Spraw Wewnętrznych „związku przestępczego”, działającego w latach 1956–1989. Komunikat z października 2003 r. mówił: „Pierwszym z kierunków czynności procesowych jest sprawa uprowadzenia w dniu 19 października 1984 r. i zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki, którego zwłoki wydobyto w dniu 30 października 1984 r., z akwenu wodnego pod zaporą na rzece Wiśle we Włocławku. Jedną z postawionych wersji jest hipoteza, że – o ile zgon księdza nastąpił z 19 na 20 października 1984 r. – to jego zwłoki mogły zostać wrzucone do rzeki dopiero w późnych godzinach wieczornych 25 października 1984 r. Według drugiej założonej wersji, ks. J[erzy] Popiełuszko został pozbawiony życia w dniu 25 października 1984 r. i w tym samym dniu, w późnych godzinach wieczornych, jego zwłoki zostały wrzucone do Wisły. Tak postawione wersje śledcze oparto na wynikach analizy akt Sądu Wojewódzkiego w Toruniu, sygn. II K 53 / 84, w zestawieniu z rezultatem wykonanych, szeroko zakrojonych, licznych czynności procesowych w niniejszej sprawie, w tym zeznań świadków i opinii sądowo-lekarskiej, wydanej przez zespół powołanych biegłych. Równolegle prowadzone są czynności procesowe zmierzające do przedstawienia zarzutów kierowania wykonaniem zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki przez osoby, które zajmowały wyższe stanowiska w hierarchii partyjno-rządowej od gen. MSW Władysława Ciastonia i Zenona Płatka”. W lipcu 2004 r. minister spraw wewnętrznych przekazał IPN materiały ze śledztwa Witkowskiego, prowadzonego na początku lat 90. W październiku tr., po ujawnionych rewelacjach na temat byłego ministra spraw wewnętrznych Mirosława Milewskiego, rozpoczęto działania zmierzające do ustalenia jego odpowiedzialności politycznej za śmierć ks. Jerzego Popiełuszki, jednak prokurator Witkowski został odsunięty w tym samym miesiącu od prowadzenia śledztwa, a Milewski zmarł w lutym 2008 r.
Śledztwo przejęła oddziałowa komisja IPN w Katowicach. W marcu 2006 r. przekazano lubelskie materiały śledcze (z lat 2002–2004) do prokuratury toruńskiej, uznając zarazem, że są one niewystarczające do wznowienia postępowania. Pogląd ten podzieliła Prokuratura Krajowa.
Śledztwo prowadzone jest aktualnie przez oddziałową komisję w Warszawie (sygn. (S 17/06/Zk) i, jak głosi m.in. komunikat: „Zebrany w tych sprawach materiał dowodowy uzasadnia podejrzenia, że sprawcami tych przestępstw mogą być funkcjonariusze SB. Ujawnione obecnie informacje i materiały stwarzają podstawy do prowadzenia nowych wątków śledztwa bądź podjęcia i kontynuowania postępowań prowadzonych w przeszłości, zazwyczaj umarzanych z powodu niewykrycia sprawców”.
oprac. Jacek Żurek
