Wybór tego właśnie seminarium nie był przypadkowy. Opiekę nad nim sprawował bowiem prymas Polski kardynał Stefan Wyszyński, a ta postać była dla przyszłego księdza niezmiernie ważna. Starał się też być blisko prymasa, ucząc się od niego stosunku do ludzi i otoczenia, starając się go naśladować. Wielkie wrażenie wywarła na nim pełna godności postawa prymasa w czasie obchodów milenijnych w 1966 r.
Podczas studiów został powołany – wbrew porozumieniu Kościoła z komunistycznym państwem – do odbycia służby wojskowej. Jednostka, w której „szkoleni” byli przyszli księża, znajdowała się na krańcu Polski, w Bartoszycach nieopodal granicy z ZSRR. Oczywiście nie był to przypadek, ale kolejne ogniwo szykan komunistycznych władz wobec Kościoła katolickiego w Polsce. Służba wojskowa, będąca wówczas okazją do wzmożonej indoktrynacji młodych ludzi, szczególnie ciężkim doświadczeniem była dla kleryków, poddawanych intensywnej „obróbce” ideologicznej. Była to dla przyszłych księży wielka próba charakteru.
Służbę wojskową Alfons Popiełuszko rozpoczął jesienią 1966 r. Szykany za praktyki religijne były codziennością. Kary za złamania zakazów – dotkliwe, nawet jak na zwyczaje panujące w wojsku. Tradycyjnie i po wojskowemu stosowano odpowiedzialność zbiorową za przejawy „klerykalizmu”, a za taki uważano posiadanie różańca lub medalika z Matką Boską. Alfons Popiełuszko był wielokrotnie karany odmowę zdjęcia medalika, za odmawianie różańca i za organizowanie modlitw wśród żołnierzy-kleryków. Kleryk Popiełuszko przeszedł przez tę „szkołę życia” bez skazy. Siła ducha wygrywała z bezmyślnym „zupactwem” i aplikowanym na siłę ateizmem. Wojsko opuszczał jednak przyszły ksiądz ze zrujnowanym zdrowiem (kłopoty z tarczycą i problemy kardiologiczne).
Służba wojskowa nie zniszczyła powołania i po jej zakończeniu Alfons Popiełuszko wrócił do seminarium duchownego.
Piotr Łysakowski