Od tego momentu ślad po księdzu urywa się. Śledztwo i proces w sprawie uprowadzenia i zabójstwa księdza Popiełuszki były od poczatku zmanipulowane przez władze komunistyczne. 21 października powołano w MSW specjalną grupę mającą zbadać sprawę porwania. W jej skład wchodzili ci sami funkcjonariusze Departamentu IV , którzy uczestniczyli w prześladowaniach księdza Popiełuszki i byli odpowiedzialni za jego śmierć. Zenon Płatek, szef tego departamentu miał wydać polecenie zacierania śladów, ale tylko jego zastępca Adam Pietruszka razem z trzema mordercami trafił na ławę oskarżonych. 27 października ujawniono, że wśród zatrzymanych jako sprawcy porwania znaleźli się funkcjonariusze SB. Po upływie tygodnia (30 października) z zalewu koło tamy we Włocławku wyłowiono ciało ks. Jerzego. Dokumenty milicji opisują to zdarzenie następująco: „O godzinie 17.00 [...] przystąpiono do wydobywania zwłok mężczyzny [...] przy użyciu płetwonurków. Przed ich wydobyciem, jak wynika z oświadczenia płetwonurka Krzysztofa Mańko, [...] ubrane były w sutannę, zwrócone twarzą w kierunku jazu, z obciążeniem nóg”.1.
Ciało księdza było okaleczone do tego stopnia, iż z trudem udało się dokonać identyfikacji – dlaczego posunięto się do takiego okrucieństwa? Czy, jak chce historyk Jacek T. Żurek, po to, by przerazić Polaków niegodzących się do końca z obcym im systemem? – ksiądz miał zmiażdżony język i zmasakrowaną twarz. Czy może chodziło bardziej o pewnego rodzaju symbol – zabicie księdza jako tego, który głosił prawdę – zabicie prawdy? Tego bez „procesowego” odkrycia zarówno zleceniodawców mordu, jak i jego faktycznego przebiegu nigdy się nie dowiemy. Przewiezienie ciała księdza z Białegostoku (gdzie dokonano sekcji zwłok) na miejsce wiecznego odpoczynku przy kościele św. Stanisława Kostki w Warszawie stał się wielką manifestacją wiary i jedności Narodu. 3 listopada odbył się uroczysty pogrzeb zamordowanego.
Sterowany przez komunistów proces, na którym osądzono sprawców morderstwa trwał od 27 grudnia 1984 r. do 2 lutego 1985 r. przed Sądem Wojewódzkim w Toruniu w obecności specjalnie zebranej „publiczności”, złożonej w większości z funkcjonariuszy SB i oddanych władzy dziennikarzy. Zakończył się wyrokami skazującymi. G. Piotrowski i A. Pietruszka dostali po 25 lat pozbawienia wolności, L. Pękala – 15, a W. Chmielewski – 14 lat. Wszyscy skazani wyszli z więzienia przed upływem kary. Pękala opuścił więzienie po 5 latach, Chmielewski po 8, Pietruszka po 10, Piotrowski po 16 latach.
Paradoksalnie władze wykorzystały proces także jako swego rodzaju oskarżenie ofiary. Oskarżonym był w tym „procesie” Jerzy Popiełuszko i Kościół katolicki, nazwany przez gen. Wojciecha Jaruzelskiego (w rozmowie z Erichem Honeckerem) „garbem”, którego nie udało się Polsce usunąć.
1 T. Chinciński, Na tropach prowokacji, „Biuletyn IPN” 2004, nr 10, s.38.
Piotr Łysakowski