Tam w skrajnie niekorzystnych warunkach lokalowych uczył dzieci religii. Wkrótce potem nastąpiła kolejna zmiana. Księdza przeniesiono do kaplicy Res Sacra Miser na Krakowskim Przedmieściu, gdzie stał się (dość nieoczekiwanie dla siebie) duszpasterzem przyszłych medyków. Od Duszpasterstwa Akademickiego i zajęć ze studentami ks. Jerzy doszedł do nominacji na duszpasterza średniego personelu medycznego. Trudno nie dostrzec, że właśnie między innymi dzięki jego wysiłkom powoli w tym środowisku tworzyła się istotna dla ludzi, a tak niebezpieczna przecież dla systemu, wspólnota światopoglądowa i duchowa. Wspominane wyżej cechy osobiste księdza odgrywały tu kapitalną rolę. Przeciążenie pracą i problemy zdrowotne, które zintensyfikowały się po służbie wojskowej, doprowadziły do zasłabnięcia ks. Jerzego (marzec 1979 r.) podczas sprawowania mszy świętej. Po pobycie w szpitalu został przeniesiony do kościoła św. Anny (akademickiego) na Krakowskim Przedmieściu w Warszawie. Liczono na to, że ograniczenie zadań i obowiązków pozwoli mu na szybszy powrót do zdrowia. Niestety brzemię obowiązków nie zmalało. Z racji opieki nad środowiskiem pielęgniarskim zajął się medycznym zabezpieczeniem zbliżającej się pielgrzymki Ojca Świętego Jana Pawła II do ojczyzny (1979 r.). Kontakty z przyszłymi i praktykującymi lekarzami i pielęgniarkami dały ks. Popiełuszce szansę na organizowanie środowiska. Wtedy też, tak jak w poprzednich miejscach pracy, dzięki zaletom charakteru zyskał sympatię i zaufanie pracowników służby zdrowia, którzy szybko uznali go za swojego kapelana. Ks. Jerzy zaangażował się wówczas także w ruch obrony życia poczętego.